本校創立於民國76年4月，原名為長庚醫學院。本系於民國76年開始招收學士後醫學系學生，民國78年起開始招收七年制醫學系學生，學士後醫學系則於民國80年停止招生，民國102年8月起配合國家醫學教育改革，開始招收新學制六年制醫學系學生。本系的教育宗旨在培養知識與德行兼備、理論與實務結合，能夠終身學習及身體力行，進而服務人群和貢獻社會的醫學人才。本系的使命及目標是培養各方面均衡發展且「以人為本」的“全人醫師”，目標是培育具優質專業素養、人文社會關懷、國際宏觀視野與終身學習的好醫師，不但能精準且有效地提供全民醫療服務，並達到符合社會的需要及期望，同時具備人性關懷、熱忱服務、尊重生命、善用資訊、終生自我學習、團隊合作與負責任等特質。